BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)  基本局部比对搜索工具，是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进 行相似性比较的分析工具，它是基...

  formatdb -  得到 formatdb  所有的参数显示（见附录二）和介绍，它可以根据我们的想法把源数据库格式化. 主要参数的说明: -i  输入需...

一个生物信息学常遇到的任务是BLAST搜索。Biojava能够解析哪些"BLAST"类型的输出，比如Blast或者HMMER的输出。Biojava在这里使用了基于SAX事件处理的方法，通过设置监听器来...

Fasta格式是一种相当标准的符合生物信息学的输出，很容易读取。Biojava中有一个SeqIOTools的类提供很多方便的静态方法，能够完成很多通用的符合生物信息学的输入输出任务。下面的例子展示如何...

Blast解析和Fasta解析程序已经讨论了一旦结果文件被解析就会生成一个存储序列相似性搜索结果对象的链表。 每个查询（例如Blast query）都对应着一个这样的链表。每个序列相似性搜索结果对象都...

要将DNA翻译成蛋白必须执行下列步骤： 转录成RNA 获得标志链的密码子（三联子） 翻译成蛋白 大部分可以通过使用Biojava的Tools类的静态方法实现。下面的程序展示了这个过程。当然了，如果你的...