利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件， barcodes.tsv.gz  # 每个barcode代表一个cell features.tsv.gz # 每个feat...

Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...

总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...

首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...

将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...

数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...

cell ranger输出结果目录结构如下所示 ├── analysis │ ├── clustering │ ├── diffexp │ ├── pca │ └── tsne ├── cloupe....