最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分...
鉴定可重复的Peaks
ATAC-Seq/ChIP-Seq通常需要2个会更多的生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性，实际情况并不完全与预期一致。如何评...
评估测序文库复杂度 Library Complexity
在制备测序文库时，经常会增加PCR的步骤来扩增DNA片段。如何评估PCR的效果和影响，本文主要分享ENCODE中针对ChIP-Seq和ATAC-Seq标准来说明。 ENCODE中主要通过三个参数来反应...
WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同
全外显子(Whole-exome sequencing)测序是啥？转录组(RNA-seq)测序是啥？ChIP-seq又是啥？它们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来从...
ChIP-seq的Input（对照）
关于对照 说到实验设计就不得不提到对照。从小老师教育我们，没有对照组的实验是不完整的，或者说就没有任何意义。所有的生化湿实验都很讲究完整的正对照和负对照。当然，下面的实验我都没做过。。。 蛋白相关实验...
用ChIP-Seq公共数据探索组蛋白表观遗传修饰参与目标基因的调控情况
在生信研究中，各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据，包括转录因子、染色质...
ChIP-seq基础入门
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RN...
ChIP-Seq分析小实战（三）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） 在ChIP-Seq分析小实战（一）中以将数据做好了准备，接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数...
ChIP-Seq分析小实战（二）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） 在ChIP-Seq分析小实战（一）中以将数据做好了准备，接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数...
ChIP-Seq分析小实战（一）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） ChIP知识点的梳理 ChIP属于表观遗传学中的一门技术，我第一次了解表观遗传学是通过一本叫遗传的...