PacBio®长读序为基因组完成带来了新变革。资深基因组装配专家开发的错误校正软件使科学家能在其短读取数据中添加长读序数据，最终将那些未完成的基因组补全。 在过去的十年，基因组装配让一些科学家渴望转向...

We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...

简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件，由 David Gordon 等人于 1998 年发布， 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...

SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr...

一般在基因组组装中，我们常用的拼接方法是，对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中（核...

Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序...

The files most people are after when they do an assembly must be these: the actual contig and scaffo...

下面是DNAstar软件中的SeqMan软件的使用方法介绍，利用SeqMan做少量数据序列拼接 Step1:打开Seqman软件 Step2:加入你要拼接的序列 点击Add sequences 查找并...

 Cap3简介 Huang, X. 和 Madan, A 开发的一套用于序列拼接的软件,此软件适用于小的数据集或 EST 拼接,它有如下特征： 利用正反向进行拼接，更正拼接错误、连接 contigs。...

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...