去年，我接触了一个RNA-seq的项目，做完之后，我重新思考了FPKM和RPKM的计算，觉得它们很可能是不对的，后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来： 1. FPKM和R...

对于RNA-seq而言，由于 技术误差， 测序深度不同， 基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...

小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。之前PLoB上分享了一篇关于这方面...

在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行標准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...

当完成测序的比对工作之后，我们得到了bam/sam文件。那么，如何得到reads的统计数据呢？ 这有很多途径： 1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述： 31991083 re...

FPKM, 是expected number of fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequ...