2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pan-genome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称，包括核心基因组（core genome），在...
基因组拼接中专业术语名词解释
Glossary terms in genome assembly RNA sequencing (RNA-seq). An experimental protocol that uses next-...
velvet安装方法
准备工作 下载velvet (1.105版本) wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./ 解压： tar zxvf ...
velvet使用介绍
新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的...
Phrap使用方法
Phrap ("phragment assembly program", or "phil's revised assembly program"), Phrap是由华盛顿大学分子生物技术学院的Phi...
SOAPdenovo拼接参数详解
1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说，对不同的数据，用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer，然后看结果的N50，找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...
SOAPdenovo参数详解
Introduction SOAPdenovo is a novel short-read assembly method that can build a de novo draft assembl...