首先向大家简单介绍下GEO数据库,它是为了共享基因表达数据而建立的一个在线数据库。很多文章发表都需要上传到GEO数据库,还不赶紧学习下,(*^__^*)。 如果要上传GEO数据库,首先要建立一个NCB...
如何上传GEO数据库
1、创建账号 如果要上传GEO数据库,首先要创建NCBI帐号, 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 登录成功后,回到GEO的主页,点击 Sub...
GEO数据做生存分析
一、数据下载 打开GEO,选择GSE17538 数据,然后下载MINiML。 二、格式转化 然后导入GEO_Convert.exe 工具。 导出样本信息数据和数据矩阵。 三、格式修改(可以防止踩大坑)...
SRA数据上传操作指南
在上一篇数据上传指南中,我们为大家介绍了GEO上传操作指南,今天小编就来介绍另一种重要的NCBI数据库SRA,它可用于存储测序的原始数据,实现资源共享。小编将SRA数据库的提交过程做一个简单概述,希望...
GEO数据上传操作指南
科研工作者在发表paper的时候,如果文章中涉及高通量测序数据分析,就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而,如何向NCBI提交这些序列?今天就来介绍一种重要的NCBI数据库GEO,它可用于存储测...
用GEOquery从GEO数据库下载数据
Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! ...
NCBI SRA数据库使用详解
做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA(Sequen...
手把手教会高速下载SRA数据
一、SRA数据结构 SRA(Sequence Read Archive)数据包括下面四级。 NCBI BioProject:PRJN**** ,是单个研究计划,可能包含多个样本和数据集。 SRA Ex...
Gene Expression Omnibus (GEO)介绍
为了支持公共使用和散布基因表达数据,NCBI开始了基因表达汇编(GEO)计划。GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。来自于microarray,高...