在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水...

拿到转录组数据之后，很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了，它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候，我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了，那么如何分析这些基因集...

1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增...

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori de...

基因集富集分析（Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA），根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。 其基本思想是使用预设定的基因集（通常是基因组注释信息或...

GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析，然后基于基因表达数据与表型的关联度（也可以理解为表达量的变化）的...

GSEA定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包...

1 表达式数据格式 1.1 GCT：基因簇文本文件格式（* .gct） 1.2 RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res） 1.3 PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pc...

在前面的《GSEA简介》中，简单介绍GSEA，以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件： 下载地址：http://software.broa...

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然...