GenBank,SwissProt和EMBL文件中物种属性是一条注释。所有要做的工作就是检查序列注释信息看看物种属性是否符合要求物种属性的名称依赖于数据源，在EMBL,SwissProt中用"OS"表...

当你读取象GenBank或EMBL这样的序列注释文件时，文件提供的不仅仅是序列本身还有一些更细节的序列信息。如果这个信息拥有位置的话，就可以当作是特征。如果这个信息是很通用的信息比如说是物种名称的话，...

在Biojava中范围位置对象代表标志链中一段区域，由唯一的起始和终止来定义。 下面的例子展示了范围位置。 [code lang="java"] import org.biojava.bio.symb...

如果你解析一个详细的GenBank文件，你将会面对包含不同类型的多个特征的序列。也许你仅仅对其中一些类型的特征感兴趣，比如说"CDS"。 你应该使用特征过滤器(FeatureFilter)来过滤这些特...

很多DNA分子,比如说质粒和细菌染色体是环状的。这样环状的分子上的位置就相对的模糊（比如说原点的定义不同，位置也不同）。在Biojava中真正的环状标志链并不存在。标志实际上是以数组或指针存储的。环状...

使用DNATools.reverseComplement(SymbolList sl)方法能够很容易的获得序列或标志链的互补链。在RNATools中有相对应的方法用来获得RNA的互补链。 [code ...

一个重要并且常用的I/O任务是将序列从文本文件读到内存中。SeqIOTools提供很多静态方法能够将文件读到Biojava中。 解决方案有很多。方案一更特别，方案二更通用。 方案一 [code lan...

前面介绍了《如何利用BioJava设置一个BLAST解析器解析BLAST结果》，解析FASTA结果和解析Blast结果非常相似。 仅仅将解析Blast结果的程序中的： [code lang="java...

一个生物信息学常遇到的任务是BLAST搜索。Biojava能够解析哪些"BLAST"类型的输出，比如Blast或者HMMER的输出。Biojava在这里使用了基于SAX事件处理的方法，通过设置监听器来...

在Biojava中，序列中的位置是用一个实现了位置(Location)接口的简单对象代表的。 一个点位置是序列或者标志链(SymbolList)中单个标志(Symbol)的位置.点位置有公共的构造器可...