很多生物信息学工作从读取测序仪的DNA片断开始.常用的是ABI测序仪的输出.Biojava包括了一个ABITrace类能够解析ABITrace文件或URL或者是存储他的byte[]数组.下面的程序由M...

为完成这个任务,我们将继承先前例子中的通用读取器,包括将序列以FASTA格式输出的能力.这里提供两个程序,一个适用于Biojava1.3pre,一个适用于Biojava1.3. 使用Biojava1....

SeqIOTools类包含了读取GenBank,SwissProt,EMBL文件的方法。因为文件中包含了不止一条序列，所以SeqIOTools返回一个序列遍历器（SequenceIterator)能够...

在Biojava中，无论字母表和标记是通过何种方式建立的，相同的字母表和标记都是规范一致的。这意味着如果在不同时间创建的两个DNA字母表（或者是来自那些字母表中的标记）对象是相等的，通过调用.equa...

当你处理序列对象的时候可能希望能够删除一些特征。下面的例子由Keith James 提供，展示如何删除不需要的特征。 在这个例子中所有在正链上的特征都被删除。 [code lang="java"] i...

Blast解析和Fasta解析程序已经讨论了一旦结果文件被解析就会生成一个存储序列相似性搜索结果对象的链表。 每个查询（例如Blast query）都对应着一个这样的链表。每个序列相似性搜索结果对象都...

在一般的翻译例子中我们使用RNATools中的方法translate()就能够很容易的进行翻译。这对于使用一般的通用翻译表来说非常合适。但有的时候，你可能使用一些诸如叶绿体翻译表等偏僻的翻译表。幸运的...

通常的翻译的例子展示了如何使用RNATools将RNA标志链翻译成蛋白质，但是具体细节隐藏在translate()方法中。如果你想将单个的密码子翻译成氨基酸，那么你就要明白具体的细节了。 实际上有很多...

要将DNA翻译成蛋白必须执行下列步骤： 转录成RNA 获得标志链的密码子（三联子） 翻译成蛋白 大部分可以通过使用Biojava的Tools类的静态方法实现。下面的程序展示了这个过程。当然了，如果你的...

在BioJava中，成分表（alphabets)是标记（symbol)的集合。（例如，DNA就是一种成分表，其中a,c,g,t是标记，DNA是这四种标记的集合。相似地，RNA由a,c,g,u四种标记组...