前面已经分享了一篇文章介绍《使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性》,最近刚好在用DnaSP v5,在写一篇文章与大家分享一下利用DnaSP 计算Ka、Ks,即dN,dS。 第一步:打开主界面之...
使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性
熊荣川, 中国科学院成都生物研究所 在进行种群遗传学研究时,都会用到核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)。 下面简单介绍怎样用软件 DnaSP v5(Librado et al.,2009)得到相...
Ka/Ks与进化选择压力
在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换(Ka)和同意替换(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变,反之则...