大家都知道,这十几年来最流行的差异分析软件就是R的limma包了,但是它以前只支持microarray的表达数据。 考虑到大家都熟悉了它,它又发了一个voom的方法,让它从此支持RNA-seq的cou...
用limma对芯片数据做差异分析
用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代,但毕竟经历了十多年的发展了,在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了!实在是...
差异表达基因的分析(2)
应学生及个别博友的要求,尽管专业博文点击率和反应均很差,但在去San Diego参加PAG会议之前,还是抽时间给出【R高级教程】的第二专题。专题一给出了聚类分析的示例,本专题主要谈在表达谱芯片分析中如...