ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程：用MAC...
Motif数据库Jaspar
R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具–Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图，用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。 JASP...
DREME原理和安装使用方法
写在前面 文献中常用的有DREME和HOMER，这次先搞定DREME，下次再写HOMER。 使用MEME套件中的DREME，用于鉴定meRIP-Seq数据中peak的motif。motif是序列中反复...
MotifStack: motif 可视化
最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感...
详解motif的PFM矩阵
在之前的文章中，对motif的几个基本概念进行了简单介绍。一致性序列采用IUPAC碱基表示标准来描述motif的序列信息，sequence logo是结合碱基分布频率和一致性序列的一种直观展示形式。本...
利用Homer进行motif分析–从实战到原理
一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置 # 下载配置文件 w...
JASPAR:转录因子motif数据库
JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif信息，可以用来预测转录因子与序列的结合区域。网址如下 http://jaspar.genereg.net/ 在该数据库...
MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明
MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所...
DNA motif 搜索算法总结
DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列，它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合，比如转录因子，从而可以在短暂时间内锚定功能蛋白。通常，DNA功能域的长度...
常用Motif预测软件
ELPH is a general-purpose Gibbs sampler for finding motifs in a set of DNA or protein sequences. The...