We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...

SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr...

N50 statistic is widely used by bioinformaticians to judge the quality of their assemblies, but it i...

Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序...

1、简介 大家在科研和工作过程中，经常会接触到n50，n90，这些概念。比如从头组装一个基因组，n50应该达到多少，才算合适呢。当然现在情况下，接触牛叉的测序新技术，是越长越好， 但是对于那些不好组装...

N50： 举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道...