一、安装breakdancer 1：在安装breakdancer之前必须先安装以下几个包 yum安装以下包： yum -y install perl yum install perl-ExtUtils...

有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Scie...

尽管测序技术在不断发展，但不论是哪种测序平台，测序过程中都不可避免地存在一些错误。《Nature Review Genetics》近日发表了一篇很有意思的综述，谈论了NGS实验中错误的来源，以及如何利...

一．下载该软件 http://solexaqa.sourceforge.net/index.htm 下载解压开 现在已经把它的三个功能整合到一起啦 之前是分开的程序，我主要用它的两个perl 程序，我...

1. Trimmomatic Trimmomatic使用JAVA运行，速度快。同时该软件进行reads QC的原理非常好。因此，最推荐使用此软件进行NGS reads的QC。 参考文献：Lohse M...

现在进行error-correciton的算法有三种： k-spectrum-based、Suffix tree/array based 和 MSA based。本文对以下软件使用真实数据进行了评估：...

如今人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq，将样品中的RNA反转录为cDNA，构建测序文库，再进行测序分析。随着RNA-seq技术的逐渐普及，自然也出现了许多RNA-seq分析工...

刘万飞 王西亮 赵宇慧 曾瀞瑶 耿佳宁 胡松年  中国科学院北京基因组研究所 摘要: 随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要。就基于第二代测序技术的...

PET概述 将由各种前期实验得到较长的DNA片段，取出其前后两个端的小段序列，称作Paired-End Tags, 将这些tags进行测序然后map到基因组上，从这两个tags就可以知道得到了基因组上...

一般成熟的miRNA长度在22nt左右，在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测，但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展，即使没有全基因组序列我们也能...