########################################################### ################### 一、下载安装circos及perl ##...
利用BioPerl将DNA序列翻译成蛋白序列
今天看到群里面有人讨论关于Perl和Bioperl的学习问题。所以在这里与大家分享几个关于蛋白质翻译的Bioperl代码，大家可以将下面的函数copy到自己的程序中，就可以将其作为函数调用。 代码一：...
GBrowse访问数据制备
什么样的数据，数据制备为什么格式，保存为什么样的形式，GBrowse进行怎样的设置，基因组图谱上就可以展示出来了。 要展示什么样的数据？ 基因组注释数据，比如contig的拼接关系、功能基因的注释、基...
GBrowse安装记录
安装步骤 perl、mysql安装略过 apache安装 [shell] % cd httpd-2.x.xx % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --...
GBrowse的介绍与安装
什么是GBrowse？ The Generic Genome Browser (GBrowse) is a genome viewer. GBrowse是个开源的基因组浏览器； 是一个图形化展示基因组...
利用Bioperl进行序列输入和输出（Bioperl HOWTO翻译13）
利用BIOPERL进行序列输入和输出 英文原文 注意：由于SyntaxHighlighter的缘故，代码有错误，可能没修改完。 目录 1 作者 2 版权 3 基础 4 十秒速览 5 背景 6 格式 ...
Bioperl入门其他部分（Bioperl HOWTO翻译12）
(译者注：Beginners HOWTO翻译到此结束，从Searching for genes in genomic DNA部分往后都是一些有关bioperl和其他程序接口：调用其他程序并分析结果。专...
Bioperl快速检索序列（Bioperl HOWTO翻译11）
索引序列文件以用于快速检索 英文原文 索引序列是Bioperl一个非常出色的功能。你可以将需要处理的本地序列文件建立一个索引然后利用这个索引提取你所需要的序列文件。这样做最重要的原因是——速度！从有索...
利用Biperl获取序列基本统计信息（Bioperl HOWTO翻译9）
获取序列基本统计信息 英文原文 除了前面讲的可通过序列对象的不同方法来获取序列文件中已有的序列信息，也可以利用bioperl获取序列的其他一些信息。例如，SeqStats对象可以获取序列的分子质量，单...
利用Biperl进行本地blast（Bioperl HOWTO翻译10）
BLAST 英文原文 （译者注：可以先参考这两篇文章：1）本地blast 2）perl脚本提取BLAST结果中的信息【以tblastn为例】 ） bioperl有很多序列分析软件的接口，这意味着可...