R中提供了多个可用于绘制韦恩图的软件包，本文主要是介绍的是VennDiagram包。 安装VennDiagram包： install.packages("VennDiagram") 首先加载相应的软件...

作图前的数据准备工作不仅仅指原始数据的收集，还包括数据外观的整理，这些工作对后续的作图无疑十分重要。和其他作图方法相比，ggplot2的优点之一就是把数据整理融合到了作图过程中，替用户分担了数据整型的...

1 Rle（Run Length Encoding，行程编码） 1.1 Rle类和Rle对象 序列或基因最终要定位到染色体上。序列往往数量非常巨大，但染色体数量很少，如果每条序列的染色体定位都显式标注...

一、BSgenome和BSgenome数据包 Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。不同物种的BSgeno...

对于最大似然估计，都是依赖于似然函数的，因此关键在于写出似然函数，然后对该似然函数进行优化。似然函数依个人的问题而定，比如说下面的是正态分布的似然函数： normal <- function(t...

1、W检验（Shapiro–Wilk (夏皮罗–威克尔 ) W统计量检验)      检验数据是否符合正态分布，R函数：shapiro.test().  结果含义：当p值小于某个显著性水平α(比如0....

这个网站上包含了Bioconductor各种分析的R脚本和方法，包括：KEGG，pathway分析。如下所示： 网站链接：http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/h...

在R中处理坐标轴的函数为axis()，我现在关心的是如何改变坐标轴的刻度位置，以及刻度标记。axis()中的参数at和labels可以解决这个问题。at表示坐标轴刻度的位置，可以自己指定，比如at=c...

在多元相关分析中，简单相关系数可能不能够真实的反映出变量X和Y之间的相关性，因为变量之间的关系很复杂，它们可能受到不止一个变量的影响。这个时候偏相关系数是一个更好的选择。 偏相关系数是在排除了其他变量...

在知道了分布函数和相应的统计量后怎样得到p-value呢?用R可以很容易的实现,如下(来自<统计建模和R软件>) P_value <- function(cdf,x,paramet,...