大家都知道，这十几年来最流行的差异分析软件就是R的limma包了，但是它以前只支持microarray的表达数据。 考虑到大家都熟悉了它，它又发了一个voom的方法，让它从此支持RNA-seq的cou...

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类...

TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己...

前面已经给大家推荐了一个在线的高通量数据分析教程《推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程》。刚刚一个偶然机会发现优酷上竟然有讲解新一代测序技术数据分析的在线视频教程，于是随便点开了几个，看了看。觉得不...

基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads的饱和度分析，另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...

TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上，从而鉴定可变剪切（exon-exon splice junctions）。 安装 最简单的安装方法，注意版本 下载Bo...

简介 ChIP-Seq：用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 ChIP-Se...

最近读到一篇Nature Method上一篇关于RNA-seq数据分析的文章，觉得很不错，杜宇刚开始多转录组分析的同学很有帮助，里面还介绍了一些关于可变剪接的问题。 下面列上列上的基本信息： Comp...

在原核生物中，mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%，其余绝大部分是 ribosomal RNA，因此若要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来，然而，原核生物并不像真核生物 mRNA 具...

以下是官方对Sashimi-plot的简单介绍： Sashimi-plot is a utility for automatically producing publication-quality p...