Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。 sam文件格式 SAM格式由两部分组成：头部区和比对区，都以tab分列。 头部区:以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比对...

htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件，作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果，而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用...

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是： 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1  序列是一对序列中的一个 2  比对结果是一个pair-end比...

当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件...

（首先推荐public Library of Bioinformatics的《SAM格式》和《Bowtie2使用方法与参数详细介绍》两篇文章，有不足处希望大家提出） 1，简介： 文件后缀名:.sam ...

1，简介： 文件后缀名:.sam Bismark是一种基于Bowtie的分析BS-Seq(一种甲基化测序方法)数据的软件，包括read mapping和methylation calling。其中re...

前几天在生物之窗提了一个关于利用SamTools统计reads问题，链接地址：http://home.plob.org/question/63 结合PLOB上几位网友的建议和自己收集的资料，在这里与大...

SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件，不同的时期，不同...

Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies a...

Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 li...