本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commu...
安装和使用SRA toolkit
# 进入你的source目录。 #*原文为cd ~/srrc，应是笔误，这里更正为： cd ~/src # 下载 SRA toolkit (确保你的下载链接对应的软件版本是跟你的系统一致的。） #*建...
SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式
一，下载该软件 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ta...
SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology I...
SRA数据上传操作指南
在上一篇数据上传指南中，我们为大家介绍了GEO上传操作指南，今天小编就来介绍另一种重要的NCBI数据库SRA，它可用于存储测序的原始数据，实现资源共享。小编将SRA数据库的提交过程做一个简单概述，希望...
下载NCBI的SRA数据: pysradb
这里推荐一个下载NCBI SRA数据的神器，pysradb。这是一个基于python开发的软件，支持从命令行运行，也可以作为python的package直接在python代码中调用。 命令行下所有参数...
NCBI SRA数据库使用详解
做为一个合格的生物信息菜鸟，没钱测序咋整，免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始！今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA（Sequen...
手把手教会高速下载SRA数据
一、SRA数据结构 SRA（Sequence Read Archive）数据包括下面四级。 NCBI BioProject：PRJN**** ，是单个研究计划，可能包含多个样本和数据集。 SRA Ex...
linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据
1、首先安装Aspera 参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》，保证该软件在服务器上已经可用。 测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下： ascp -i /your-p...
SRA文件格式转换
最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。 下载地址: http://www.ncbi.nlm...