Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了,四年前关于这两个软件的使用,Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件,具体可以参考《利用top...
转录组组装工具StringTie
StringTie由约翰霍普金斯大学联合德州大学西南医学中心开发,能够组装转录本并预计表达水平。它应用网络流算法和可选的denovo组装,将复杂的数据集组装成转录本。 相对于其他拼接软件(Cuffli...
StringTie:转录组分析软件介绍
StringTie是一个新的转录组标表达定量软件,下面是组装算法示意图 摘要 转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件,他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...