准备文件：下载必备的软件和参考基因组数据
1、软件
ps：还有samtools，freebayes和varscan软件，我以前下载过，这次就没有再弄了，但是下面会用到
2、参考基因组
3、参考 突变数据
第一步，下载数据
第二步，bwa比对
第三步，sam转为bam，并sort好
第四步，标记PCR重复，并去除
第五步，产生需要重排的坐标记录
第六步，根据重排记录文件把比对结果重新比对
第七步，把最终的bam文件转为mpileup文件
第八步，用bcftools 来call snp
第九步，用freebayes来call snp
第十步，用gatk 来call snp
第十一步，用varscan来call snp
下面的图片是按照顺序来的，我就不整理了
