获得软件:
Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu
Phred: Brent Ewing, bge@u.washington.edu
Consed: David Gordon, dgordon@u.washington.edu
根据你需要的软件分别给这个人写信。
信的内容:
一:遵守的协议内容,可以从官方网站上复制黏贴(http://www.phrap.org/consed/academic_agreement.txt)
二:
NAME:
ACKNOWLEDGEMENT: .
PROGRAMS:
INSTITUTION:
DEPARTMENT:
EMAIL:
comOS:linux(64 bit x86_64 )
IP address is
一般过个三五天会以邮件的形式发给你。
接下来就是安装:
1. gunzip phred-dist-020425.c-acd.tar.z
tar xvf phred-dist-020425.c-acd.tar
2. make.
cp phred /usr/local/bin
chmod 111 /usr/local/bin/phred
4. mkdir /usr/local/etc/PhredPar
cp phredpar.dat /usr/local/etc/PhredPar
export PHRED_PARAMETER_FILE=/usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
5. make daev
cp daev /usr/local/bin
chmod 111 /usr/local/bin/daev
6. make clean
7. 修改phredpar.dat文件( 由于目前测序仪多采用3730等高通量测序仪,与phredpar.dat中的机型不同,
因此需要添加新机型)
vi /usr/local/etc/PhredPar/phredpar.dat
在其中添加"KB_3730_POP7_BDTv3.mob" terminator big-dye ABI_3700
先按Esc键,然后“Shift”+“: ”,最后按w键和q键