估计进化速率的几种软件：
1 Beast
它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计，而且给出可信度区间。
它的结果比较准确，但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试，修改各种参数使得结果最优
2 r8s
使用基于最大似然法估计进化速率
3 TipDate
同样使用最大似然法估计进化速率
4 Treble
北大发展的构建进化树的方法，可以用来估计进化速率。准确度不如beast，但速度非常快。
不过文章里没有把该方法与其他的经典方法，如phylip，paup等进行比较
我所使用过的只是Beast和Treble，因为只需要下载下来不需要安装。r8s需要自己编译，因为没有root权限所有没法安装几个缺失的库。TipDate至今没有找到，不过它的计算能力有限，最多只能够计算60条序列，估计是被淘汰了。
注意事项：
1 所估计的序列的时间最好比较分散，如果来自同一个时间点肯定不会得到好的结果。
2 所估计的序列最好来自同一个来源，这样才更符合进化速率所使用的条件。有很多文章不管三七二十一直接使用所有序列估计速率，结果肯定不会好，而且最主要的是不合理。如果使用软件中允许速率在不同分枝间变化的选项得到的结果会好一点。
很多时候我们会发现其实最简单的方法最有效。比如说这里的问题，很自然的我们会想到使用线性回归的方法估计进化速率，虽然是近似的方法，但不会差到哪里去。