首先我们通过下图从整体上了解下Circos的工作流程，其中核心的是config配置文件，它决定了Circos的每一圈读入什么样的数据，并且决定它们以什么方式展示，是柱状图还是散点图，也包括颜色、字体等等。为了便于模块化，config文件又分为多个子config文件，我们在作图时可以在主config文件中调用这些子config文件，最后将整理好的config文件传递给Circos，即可做出各式各样的Circos图。
我们要看懂Circos，首先需要对这些数据有个整体的认识。
我们以cosmic网站的一幅Circos图为例，一个典型的Circos图最外圈一般是染色体的示意图（ideogram），上面的刻度表示染色体的坐标位置。以第一条染色体为例，由于chr1的length=249250621，我们以1Mbp为单位，那刻度范围就为0~249。
染色体示意图完成以后，内圈开始便是我们所要展示的数据，每一圈都是以最外圈为坐标，展示相应位置发生的突变等信息，常见的展示方式有scatter散点图 、line、histogram直方图、heatmap、links等。
如下图即是用了同样的数据，而只是展示方式不同而已。我们再看cosmic的图，从外向内，第二三圈为scatter，第四圈向内均是histogram。
看着Circos一圈一圈挺复杂的样子，其实我们可以将它跟平时看惯的x-y直角坐标系类比，只不过我们平时看到的坐标是类似（22，39545），而在Circos中，这个坐标变为（hs1 28000000 28999999 0.002489），其中第一个字符表示人染色体编号，等同于chr1，28000000表示染色体起始位置，28999999表示终止位置，由这三个值便确定了突变信息所在的坐标位置，相当于x-y轴坐标体系中x的值已经确定了，而0.002489则表示该坐标处所对应的值，相当于y轴的值也定下来了，很多行这样的值通过点或者线的方式连起来，就构成了上面的图。
那你可能又有问题：
一、我们熟悉的坐标中x轴都是一个确定的值，如22，为什么在Circos中会有三个值，而且是坐标上的一段范围，怎么想象它在图上也不可能是一个点呀；
二、这里0.002489到底是什么含义。
我们不妨这么理解，其实hs1 28000000 28999999确实表示一个范围，横跨了999999个碱基(近似于1Mb)，而在这个范围内的值都是0.002489，连起来其实是一条横线，但由于染色体太长，我们不可能以1bp为单位去展示，正如上面提到的，我们用1Mb为单位（chr1的长度范围为0-249），因此这个范围在染色体示意图上实际也就成了一个点；
而0.002489在我们这个例子中是表示这个范围内snp的密度（这一范围内snp的数目有2489个，而2489/(28999999-28000000)=0.002489），在不同的文章中，这个值会被赋予完全不同的含义，但是只要我们掌握了理解方式，也就不难读懂图了。
看完以上的介绍，也许你还觉得似懂非懂，那你可以自己安装Circos，体会一下Circos图是怎么作出来的，也许会对Circos有更深刻的了解。
我们下期将教大家如何在Wondows系统下安装Circos并作图，欢迎感兴趣的朋友来围观……
