ideogram在基因组绘图中往往表示的就是染色体，在大多数情况下，ideogram是配置文件中重要的部分，也是相对参数较多的circos配置文件。主要内容包括染色体的半径、宽度、颜色，染色体排列方式以及它们之间的间隔距离等。
1、参数的含义
首先写一个范例来说明各个参数之间的含义，#后面为注释。
<ideogram> <spacing> #此标签对用于放置默认的染色体之间的间距。 default = 0.005r #染色体之间的间距 </spacing> show_bands = yes #必须有bands信息才能设置yes（显示） fill_bands = yes #是否填充 band_transparency = 4 #透明度 radius = 0.90r #绘制染色体的半径 thickness = 20p #图形线条的粗细 fill = yes #是否填充 stroke_color = dgrey #染色体边线颜色 stroke_thickness = 2p #边线的宽度 show_label = yes #是否显示标注（染色体的名称） label_font = default #标记（染色体的名称）字体在etc/fonts.conf中查看 label_radius = 1r + 75p #标记（染色体的名称）显示的位置——染色体圆弧外75p以内的位置 label_size = 30 #字体大小 label_parallel = yes #是否（与描述的区域的切线）平行 </ideogram>
2、染色体显示与排序
1）染色体默认显示：chromsomes_display_default=yes #不用设置，系统默认，除非你想让染色体默认不显示
2）选择部分染色体显示：chromosome=hs1；hs2；hs3；hs4
3）选择部分染色体不现实（filter）：chromosome=hs1；hs2；hs3；hs4
4）染色体显示排序：chromosomes_order = hs2，hs4，hs3，hs1 对默认的排序方式重新排列
5）将两条染色体隔开：chromosomes_order = hs2,-,-,hs3 其他染色体按照默认方式排列
6）将指定染色体放在首位（^）：chromosomes_order = ^,hs5 用休止符号指定
7）指定染色体放在末尾($)：chromosomes_order = hs5,$ 用美元符号指定
8）分组指定特殊位置：chromosomes_order = hs3,hs2|,hs8,hs1 其他染色体默认顺序排列，但是hs2跟在hs3后排列，hs1跟在hs1后排列，最终的顺序 则为 4、5、3、2、6、7、8、1
9）选择一条染色体的部分显示：
chromosomes = ...;ID:START-END;...
chromosomes_units = 1000000 #定义染色体作图的时的单位，也做u，即1u=1000000bp
chromosomes = hs1:0-100;hs2:50-150;hs3:50-100;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8 #相当于hs1只显示0-100单位之间的bases，hs2 显示50-150单位之间的base
chromosomes = hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8
chromosomes_breaks = -hs1:100-200;-hs2:0-50;-hs2:150; #hs1 100u-200u之间不显示，hs2 0-50u之间不显示；hs2 150u之后的区域不现实；表示到末尾。
3、Ideogram显示之间的间隔
1）<spacing>标签对之间放间隔信息，可以使用u和r作为单位。其中<spacing>default=1u</spacing>用于设置所有ideograms之间的默认值。如果单独对特定的一对或者几个ideograms设置则可以在spacing标签之间使用<pairwise hs1;hs2>标签指定spacing信息。例如：
<ideogram> <spacing> default = 10u #默认值 <pairwise hs1;hs2> #指定hs1和hs2 spacing = 0.25r #设置hs1和hs2之间的spacing信息为0.25r </pairwise> #标签成对出现 <pairwise hs3> #<spacing>中可以放多个<pairwise></pairwise>标签对，以便于个性化设置。 spacing = 15u </pairwise> </spacing> </ideogram>
2）axis_break——轴断
在<spacing>标签对之间break=2u表示ideogram的轴断（axis_break轴断用于表示染色体不全，在轴断出有部分染色体未显示）。轴断可以在染色体内部或者两段。axis_break_style=n用于设置轴断的样式。Axis_break_style的值由<break_style n></break_style>标签对定义。axis_break_at_edge=yes 表示在ideogram没有展示染色体的首尾的时候，在首尾使用axis_break。
<ideogram> <spacing> default = 10u break = 2u #定义 axis_break = yes axis_break_style = 2 #选择风格 axis_break_at_edge = yes #是否在首尾显示axis_break <break_style 1> #定义axis_break风格1，这里并没有调用这种风格 stroke_color = black fill_color = blue thickness = 0.25r stroke_thickness = 2 </break_style> <break_style 2> #定义axis_break风格2，被axis_break_style = 2 调用 stroke_color = black stroke_thickness = 3 thickness = 1.5r </break_style></spacing></ideogram>
3）为染色体单独命名（设置tag）
由于部分染色体可能会只取部分显示，或者一条染色体取出两部分显示。重新命名（tag）更容易操作，例如对染色体排序的时候则可以直接使用tag排序，无需写出全部内容。
方法：在设置染色体显示的时候，在染色体名称后面，定义显示部分的前面用”[]”设置tags。默认使用tag作为label显示，不用单独设置label_with_tag=yes。设置label_with_tag=no即可关闭。
chromosomes = hs1[a]:0-50;hs1[b]:150-);hs2[c]:0-50;hs2[d]:150-);hs3[e] #定义显示的区段，并给每个ideograms设置tag。
label_with_tag = no
4）ideograms的半径
设置统一默认方式：radius=0.85r （在<ideogram>标签下）
也可以单独对某个或者多个ideograms设置半径，在染色体名称（或者tags）后加半径大小，用冒号隔开。
chromosomes_radius = hs1:0.5r;hs2:0.55r;hs3:0.6r;hs4:0.65r;hs5:0.7r;hs6:0.75r;hs7:0.8r;hs8:0.85r;hs9:0.9r;hs10:0.95r
5）label设置
label即在ideogram（染色体）上的标注，区分染色体。Label设置的字体label_font必须是在字体文件中已经定义的（字体文件用<include colors_fonts_patterns.conf>>调用）。
*label_radius= dims(ideogram,radius_outer) + 50p 表示label的半径，其中ideogram表示以ideogram的半径为参考；radius_outer表示在ideograms的外圈位置；+50bp表示在radius_outer的基础上外延50bp。radius_inner表示内径。（邓飞龙的circos学习笔记，博客地址www.dengfeilong.com）
*label_radius =(dims(ideogram,radius_outer)+dims(ideogram,radius_inner))/2 #内外半径的中间位置，即放在ideogram上。
* label_radius = dims(image,radius) - 50p image #表示以整天图片为参考。
<ideogram>
show_label = yes #是否显示label
label_with_tag = yes #是否使用tag作为label
label_font = light #label字体
label_radius = dims(ideogram,outer_radius) + 0.05r #label的半径，即定义label显示的位置，做特别说明
label_center = yes #所有label集中在定义的半径内。
label_size = 48p #字体大小
label_color = grey #颜色
label_parallel = yes #label是否与圆的切线平行
label_case = upper #大写字母
label_format = eval(sprintf("chr%s",var(label))) #对label格式化，在数据中即可完成。
...
</ideogram>6）临时设置（第一个ideogram位置和默认放置顺序）
第一个的位置在图片设置文件中已经定义，也可以对其定义。系统设置的各个位置如有图所示。
用angle_offset=90，这可设置第一个ideogram的位置。
而顺时针和逆时针排列方式也可以定义：angle_orientation = counterclockwise（逆时针）
*都在<image>标签对里面。如果是调用image文件，可以用*来重置文件内的参数。
博主注：时间匆忙，内容都是从circos学习笔记直接复制而来，排版和整体内容比较混乱，其中必定有不少错误，请各位谅解指正。