批量求fasta格式序列长度

来源：tiramisutes23,210

linux下用awk计算fasta序列的长度

fasta序列文件data.fa

  1. >Gorai.004G111100.1
  2. ATGGGTACTGCTCCAACCCAGTGCCCTTCTGGAATCACTGCAAATTTCCACGCCAAATTTGATAACAGAACTGAGTTTTC
  3. >Gorai.004G111100.2
  4. ATGTTTTTCATGCTCCGGTGGACAAGATACTCTGGGATGCCGGGGAACAGTTTTTCCTTTTCTTGGCAGACATATGCACATAAAATTCTT
  5. >Gorai.004G111100.3
  6. ATGGGTACTGCTCCAACCCAGTGCCCTTCTGGAATCACTGCAAATTTCCAC
  7. >Gorai.004G111100.4
  8. ATGGGAATGCATGAACTAGCAGCCAAAGTTGATGAGT

首先将fasta序列转换成一行显示，命令如下：

  1. awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0"%":$0 }' data.fa >data2.fa

结果：

  1. >Gorai.004G111100.1%ATGGGTACTGCTCCAACCCAGTGCCCTTCTGGAATCACTGCAAATTTCCACGCCAAATTTGATAACAGAACTGAGTTTTC
  2. >Gorai.004G111100.2%ATGTTTTTCATGCTCCGGTGGACAAGATACTCTGGGATGCCGGGGAACAGTTTTTCCTTTTCTTGGCAGACATATGCACATAAAATTCTT
  3. >Gorai.004G111100.3%ATGGGTACTGCTCCAACCCAGTGCCCTTCTGGAATCACTGCAAATTTCCAC
  4. >Gorai.004G111100.4%ATGGGAATGCATGAACTAGCAGCCAAAGTTGATGAGT

长度计算：

  1. awk -F"%" '{print $1"\t"length($2)}'  data2.fa >data3.fa

结果：

  1. >Gorai.004G111100.1 80
  2. >Gorai.004G111100.2 90
  3. >Gorai.004G111100.3 51
  4. >Gorai.004G111100.4 37

 

评论  2  访客  2
    • 原创作者 1
      1F
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      原创地址： http://tiramisutes.github.io/2015/11/08/fa-length.html

      • yuan102379 0
        2F
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        不错 哈哈

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      匿名网友

      拖动滑块以完成验证
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