Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或OTU等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋白与蛋白相互作用（pp），DNA与蛋白相互作用（pd）等。本节我们主要介绍简单的网络图，下一节我再介绍稍微复杂的网络图，会在简单的基础上添加节点和边的属性信息（包括相互作用的类型、相关性程度、丰度等信息）。
首先我们需要下载并安装cytoscape软件。进入官网（http://www.cytoscape.org/），根据提示下载与操作系统匹配的版本（支持Mac OS X、Windows 64bit、Linux），下载后安装过程与常规软件相同。
导入本地文件“File--Import--Network--File…”
打开目标文件，我们以miRNA与靶基因的作用网络文件miRNA-target.txt为例，文件格式如下（以Tab分隔）：
点击“打开”后，弹出如下对话框
Source interaction选择Column1（miRNA）， Target interaction选择Column2（Gene_symbol），其他参数默认，此时可以看到miRNA和Gene_symbol前头的标志由“差号”变成了“对号” 点击OK。
此时的网络布局比较丑，因为软件默认的布局为grid layout，我们可以通过菜单栏中的“Layout”将网络图调节成我们中意的样式。
选中Prefuse Force Directed Layout后显示如下（建议多试几个layout样式）
默认的节点和边的颜色不怎么好看，可以通过左侧的Control Panel进行修改。左下角的“Node”,“Edge”“Network”按钮分别可以修改节点、边以及网络整体的属性。
设置完以后，还需要将miRNA和靶基因用不同颜色区分开，在右下方的Table Panel中选中所有miRNA。
黄色高亮显示所有miRNA均已被选中，且在左侧的Control Panel 的Style选项中会多出一列灰色的方格，双击相应的方格，就可以设置选中节点的填充颜色，宽度等等。
修改以后显示如下1
一般如果节点比较多的时候，节点之间很容易堆叠，可以通过鼠标左键选中某个节点，对其进行拖动，使之达到较为理想的效果。
最后通过File--Export--Network View as Graphics导出成pdf格式的图片。
如果对图片不是很满意，下次还想接着再修改，那么可以将已编辑好的图片导出成XGMML格式的文件，下次想编辑的时候用上面同样的方法打开即可修改。
好了，大家可以下载示例数据进行模拟练习，下节，我们介绍稍微复杂一些的网络图。
云盘地址：http://pan.baidu.com/s/1o8Taoiu