之前介绍了用RAxML构建极大似然进化树的方法。本文另外介绍一款很经典的构建进化树的软件--- Phylip。
以下是官方介绍：
PHYLIP is a free package of programs for inferring phylogenies. It is distributed as source code, documentation files, and a number of different types of executables. These Web pages, by Joe Felsenstein of the Department of Genome Sciences and the Department of Biology at the University of Washington, contain information on PHYLIP and ways to transfer the executables, source code and documentation to your computer.
目前phylip在线提供windows、linux（or unix）以及mac使用的程序。
windows版的下载压缩包之后解压之后在exe文件夹里面就有所有的可执行程序。
对于linux版，下载之后需要编译才能正常使用，依次运行下面的命令完成操作：
软件下载：
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.69.tar.gz ./
解压：
tar zxvf phylip-3.69.tar.gz
进入文件夹:
cd phylip-3.69/src
编译与安装
make install
之后就可以发现在phylip-3.69的exe目录里面有所有的可执行程序
对于mac版，很抱歉现在我没用过mac系统，方法应该不会太难，可参考以上windows和linux
以下是从liucheng博客(liucheng.name)中摘取的关于phylip的具体使用方法：
1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”→“载入序列”；点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾；点击“比对” →“完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。
2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车
3. 输入“r”，回车→输入1000，回车→输入“y”，回车→输入“5”，回车→出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。
4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开dnadist软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车
5. 输入t，回车→输入20，回车→输入m，回车→输入d，回车→输入1000，回车→输入y，回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。
6. 将outfile重命名为infile2，打开neighnor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车
7. 输入选项m，回车→输入1000，回车→输入奇数5，回车→输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。
8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车
9. 输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果，可用treeview软件打开观看。