IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器，支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式，如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。

新版的Windows IGV分发包中包含了Java运行环境，点击链接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win_2.3.93.zip即可下载，解压后，点击igv.bat文件即可启动。

若启动失败，使用记事本打开并编辑igv.bat文件，在文件的最后新起一行输入pause，保存后，再尝试打开，就可以在Windows下的命令行界面（黑色背景的小框中）看到错误信息，根据信息提示去解决问题。

IGV具体使用如下：

如果基因组未存在于当前列表中，则选择更多从Broad IGV获取对应的基因组信息。若所研究的物种没有被Broad IGV收录，则需要自己构建基因组信息。具体参见前面发过的文章 （在公众号后台输入 IGV基因组索引 即可获取）。

IGV展示所用的bw文件可以直接从bam文件得来。下面列出几个工具和相应的代码辅助转换。考虑到不同样品的测序深度不同，需要根据样品的测序量做一个标准化处理，建议使用deepTools的bamCoverage命令。

IGV是一个界面可操作软件，学习的方式就是每个菜单点开看看，点选下看下效果，比如修改下Track的颜色，Track的高度，纵轴的坐标范围Auto scale, Log scale 或 Data range等方便比较。

如果想比较多个基因的表达峰图，可以先在IGV中添加相应的基因列表，然后针对特定的列表选择view，就可以在一个屏幕显示所有加入的基因。

如果我们要查询的区域很多，可以配合bedtools igv -i input.bed，生成一个脚本，批量捕获多个区域的比对信息或coverage信息。使用Tools - Run Batch Script - 选择bedtools igv的输出结果，即可以看到动画般的截屏界面。完成后，就可以一张张的浏览图片或者传给没有安装IGV的老师或朋友查看。

构建自己的基因组索引

1. 在IGV的菜单栏点击 Genomes>Create .genome File，会弹出一个窗口填写需要的信息。
2. 输入一个ID和基因组的描述信息，这个ID等同于常见的mm10，会作为构建的基因组索引的名字。
3. 使用 samtools faidx genome.fasta索引基因组文件，然后输入基因组FASTA格式文件的路径。
4. 提供基因注释的GTF文件，这个文件可以是拼装基因组预测的基因，也可以是cufflinks 等拼装的转录组的GTF文件。
5. 其它的选项可以忽略。
6. 点击 Save，选择基因组索引文件*.genome的存储路径。