1 表达式数据格式
1.1 GCT：基因簇文本文件格式（* .gct）
1.2 RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res）
1.3 PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pcl）
1.4 TXT：表达式数据集的文本文件格式（* .txt）
2 表型数据格式
2.1 CLS：分类（例如肿瘤vs正常）类文件格式（* .cls）
2.2 CLS：连续（例如时间序列或基因谱）文件格式（* .cls）
3 基因集数据库格式
3.1 GMX：Gene MatriX文件格式（* .gmx）
3.2 GMT：基因矩阵转置文件格式（* .gmt）
3.3 GRP：基因集文件格式（* .grp）
3.4 XML：分子签名数据库文件格式（msigdb _ *。xml）
4 微阵列芯片注释格式
4.1 芯片：芯片文件格式（* .chip）
5 排名的基因列表
5.1 RNK：排名列表文件格式（* .rnk）
1：GCT格式是一个制表符分隔的文件格式，用于描述表达式数据集。它的组织如下：
.
RES: ExpRESsion (with P and A calls) file format (*.res)
PCL: Stanford cDNA file format (*.pcl)
TXT: Text file format for expression dataset (*.txt)
CLS: Categorical (e.g tumor vs normal) class file format (*.cls)
GMX: Gene MatriX file format (*.gmx)
The GMX file format is a tab delimited file format that describes gene sets. In the GMX format, each column represents a gene set; in the GMT format, each row represents a gene set. The GMX file format is organized as follows:
每个基因集由名称，描述和基因组中的基因描述。GSEA使用描述字段来确定报告中提供的基因集描述的超链接：如果描述是“na”，则GSEA提供到MSigDB中指定基因集的链接。
GMT：基因矩阵转置文件格式（* .gmt）
GMT文件格式是描述基因集的制表符分隔文件格式。在GMT格式中，每行代表基因集; 在GMX格式中，每列表示基因组。GMT文件格式的组织如下：
GRP：基因集文件格式（* .grp）
GRP文件以简单的换行符文本格式包含单个基因集。通常，您使用GMT或GMX文件格式创建基因集，而不是使用GRP文件格式。GRP文件格式组织如下：
XML：分子签名数据库文件格式（msigdb _ *。xml）
MSigDB xml格式化文件的示例：
芯片：芯片文件格式（* .chip）
CHIP文件包含有关微阵列的注释。它应列出微阵列中使用的特征（即探针集）及其与基因符号的映射（如果可用）。虽然该文件不是直接在GSEA算法中使用，但它用于注释输出结果，也可用于将表达式数据集中的每个探针集折叠为单个基因载体。
CHIP文件格式的组织如下：
文件名必须以.chip扩展名结尾。
在第一行包含标识在文件的剩余部分每列的内容列标题。该文件必须包含三个列标题，以标签分隔：
- 探头组ID
- 基因符号
- 基因标题该GENE_SYMBOL.chip文件包含一个额外的列别名，这里没有显示。当基因被多个HUGO基因符号识别时，Gene Symbol列包含出现在GSEA报告中的基因符号，“Alias”列识别用于引用相同基因的其他基因符号。如果基因集或芯片注释文件在“别名”列中包含基因，则GSEA会自动将其转换为基因符号列中的基因。文件的其余部分包含微阵列中使用的每个探针组ID的数据。
线格式:(探针集ID）（标签）（基因符号）（标签）（基因标题）
RNK：排名列表文件格式（* .rnk）
RNK文件以简单的换行符分隔的文本格式包含单个排序的基因列表（不是基因集）。当您有要预先排序的排名列表，您要使用GSEA进行分析时使用。例如，您可能已经使用您最喜爱的tTest样统计来从您现在要测试浓缩的数据集中产生排序的排序基因列表。线顺序无关紧要。然而，重要的是，第二列将具有数值 - 它们将用于由GSEA对顺序基因进行排序。
