BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器

细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向，通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性，在系统进化分析，物种分类鉴定，功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性？BRIG软件教您轻松搞定。

BRIG是一款功能强大的分析及可视化软件，操作简单，界面友好，能够在一张图中展示近百个基因组比较结果。

接下来让我们来一场与BRIG圈图相约的美妙旅行。

BRIG是由Java 1.6编写的，使用BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。

1、 首先安装Java和BLAST/BLAST+，解压BRIG安装包，双击BRIG.jar，运行BRIG。

（1）通过Preferences >BRIG options，设置blast+软件路径，如下：

（2）载入示例文件

选择载入参考基因组，设置输入文件夹和输出文件夹，单击Add to data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIG data pool，单击next。

（3）设置每一圈信息

Add new ring添加圈，选中data pool中的数据，单击Add data，添加选中的序列。设置完成后单击next。一般设置如下：

（4） 提交任务

选择图片输出格式：jpg、png、svg、svgz ，单击submit，提交比对任务并输出图片。

（ 5 ）最终输出结果

2、看着上面的图是不是感觉缺少点什么？是的，缺少注释信息。当序列添加完成后，通过Add custom feature按钮，进入基因注释信息编辑栏。

注释信息的添加有四种方式，单击Input data下拉栏显示：Single entry（即编辑单个基因）、Tab-delimited（导入xls文件）、Genbank（添加gbk文件）、Embl（添加embl文件）。

（1） 通过xls文件导入自己感兴趣的基因。

注释信息文件（list.xls）整理如下，共三列：strat、end、label，注意表头一定要添加#，基因起点（start）位置必须小于终止（end）位置。可将正链、负链基因整理成两个list，注释信息可添加成两圈。Input data选择“Tab-delimited”，上传list文件，同时可通过colour对不同基因进行颜色设置。

提交任务后，结果展示如下：

（2）通过gbk文件导入注释信息

Input data选择 ” Ganbank ” ，Feature name设置为 ” CDS ” ，通过Browse载入gbk文件。

结果展示：

3、注释信息添加完成了，如果我们想知道这段序列的reads覆盖度该如何去做呢？别着急，BRIG中也可导入sam文件，从而显示序列的reads覆盖度信息。

（1）创建覆盖度表格文件

通过Modules > Create graph files，通过下拉菜单选择Coverage graph（支持sam、ace格式文件），选择sam文件，输出文件目录，设置窗口大小为1，单击“Create Graph”完成创建。

（2） 设置参考基因组

选择并设置号参考基因组，同时在 data pool中显示我们创建成功的sam.graph文件，单击next。

（4）添加比较基因组圈图信息

创建 4个ring，分别命名为Mapping Coverage、pSK57、SAP014A、CDS。ring1添加数据Mu50.sam.graph，graph maximum value设置为10；ring2、ring3分别添加pSK57、SAP014A数据，设置完成后点击next并提交。

结果展示：