BreakDancer的安装与使用

安装BreakDancer总共需要完成以下三个软件的安装工作

Perl
Samtool
BreakDancer Software

下载额外的GD Graphics Library ( Download from CPAN )

GD-1.18
GDGraph-1.44
GDGraph-histogram-1.1
GDTextUtil-0.86
Math-CDF-0.1
Statistics-Descriptive-3.0100

安装Library(以GD-1.18为例, 详细内容可参考每个Library的Readme文件)

tar -zvxf GD-1.18.tar.gz
cd GD-1.18
perl Makefile.PL
make
make install

在之前我已经在这个网站上面介绍了Samtool的安装方法，可以参考samtool的安装方法

将Samtool加入PATH

编辑home目录底下的.profile文件

在export PATH之前加入PATH="${PATH}:samtool文件夹的绝对路径"

以samtool资料夹绝对路径为/home/bioinfo/samtool为例修改.profile檔案

在export PATH之前加入PATH="${PATH}:/home/bioinfo/samtool"

下载BreakDancer (download from BreakDancer Source Forge：http://breakdancer.sourceforge.net/)

breakdancer-1.1_2011_02_21.zip

解压

unzip breakdancer-1.1_2011_02_21.zip

安装BreakDancer

#进入breakdancer-1.1_2011_02_21/cpp文件夹
cd breakdancer-1.1_2011_02_21/cpp
#编译
make

准备资料

Paired-end short read alignment data (*.bam)

检测流程（以现有的资料human.bam为例）

产生lst檔案

perl bam2cfg.pl human.bam > human.lst

检测Structural Variant

perl BreakDancerMax.pl human.lst > human.SV.output

检测Small InDel

perl BreakDancerMini.pl human.lst > human.InDel.output

评论 3 访客 2 作者 1

boya888 3
2012/06/12 15:37:33 1F
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简介BreakDancer is an application for detecting structural rearrangements
突变侦测 Insertion / Deletion / Inversion / Translocation
核心技术 Poission Test / Fisher’s method / Kolmogorov-Smirnov test
BreakDancerMax predicts five types of structural variants: insertions, deletions, inversions, inter- and intra-chromosomal translocations from next-generation short paired-end sequencing reads using read pairs that are mapped with unexpected separation distances or orientation.
- ybzhao
  2012/06/12 16:20:21 B1
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  @ boya888 boya888对BreakDancer 很了解啊，哈哈。这个是我们实验室的一个兄弟提供的信息。你如果了解更多希望与我们大家一起分享啊，O(∩_∩)O哈哈~
- flzh628 0
  2016/05/31 15:40:40 B1
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  @ boya888 您好！有个问题想咨询。我在运行breakdancer的第一步时，老是报错，提示找不到Statistics-Descriptive，但是我装了这个模块啊，也添加到自己的环境变量中了。请问如何解决呢？谢谢您！下面是报错信息：“Can’t locate Statistics/Descriptive.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at bam2cfg.pl line 7.
  BEGIN failed–compilation aborted at bam2cfg.pl line 7.”