bismark 识别甲基化位点-可视化篇

在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令

1. bismark2report
2. bismark2summary

第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report 文件。bismark2report 命令读取这个reort 文件，然后生成单个样本对应的html报告。

用法如下

bismark2report  —dir test4  —
alignment_report  test/test_data_bismark_bt2_SE_report.txt

--dir指定结果的输出目录，--alignment_report 指定比对产生的report文件的路径

最终会在输出目录生成一个html文件，包含3个方面的统计信息

1.  Alignment

在表格中，会给出总的序列数，没有比对上的序列数，唯一比对是序列数和比对到基因组多个位置的序列数。

采用扇形图来展示比对比例的分布情况

2. Cytosine Methylation

甲基化位点的汇总信息，包括CpG, CHG, CHH 下的甲基化和非甲基化C的数目和比例

采用柱状图的方式展示甲基化的C在CpG, CHG, CHH3种不同区域的分布比例

3. Alignment to Individual Bisulfite Strands

比对到OT, CTOT, CTOB, OB 4种链的reads 数

采用柱状图的形式展示比对到4种链上的reads 数目

第二个命令针对所有样本进行汇总，用法如下

bismark2summary  sampleA_bismark_bt2.bam  sampleB_bismark_bt2.bam

生成的 html 文件包含以下两个方面的内容

1. Alignment

所有样本比对情况的汇总

2. Cytosine Methylation

所有样本甲基化C的个数，可以选择CpG, CHG, CHH,查看不同情况下的甲基化C的分布

除了html 格式的报告之外，还会生成.txt 格式的文件，每个样本是一行，包含的信息和html 中展示的信息是一样的。