最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分享。
ATAC-Seq、DNase-Seq与ChIP-Seq的不同的是：
ATAC-Seq和DNase-Seq是用来鉴定全基因组范围内染色质的开放区域（open chromatin region），可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合区域信息，一般用于不知道特定的转录因子，用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子。
ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么，根据感兴趣的转录因子的抗体去富集转录因子结合的DNA区域。同时，该方法也用于鉴定组蛋白结合位置和组蛋白修饰的区域，例如：H3K4me3，H3K27ac等。
除了这三种实验方法外，还有其他多种鉴定染色体元件的实验方法。这些方法基本整体思路比较类型，都是对特定区域进行富集，然后根据不同实验原理开展不同的后续分析。下面是下面的这张图是从《Identifying and mitigating bias in next-generation sequencing methods for chromatin biology》这篇文章中截取的ATAC-Seq、ChIP-Seq、Dnase-Seq、MNase-Seq、FAIRE-Seq进行简单比较，希望对大家有所帮助。
An overview of ChIP–seq, DNase-seq, ATAC-seq, MNase-seq and FAIRE–seq experiments
以上方法可以简单概括为：
- ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域，实际是研究DNA和蛋白质的相互作用，利用抗体将蛋白质和DNA一起富集，并对富集到的DNA进行测序。
- DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究开放染色质区域。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域，而ATAC-seq是用的Tn5转座酶，随后进行富集和扩增；FAIRE-Seq是先进行超声裂解，然后用酚-氯仿富集。
- MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。
参考：