pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来，做成了一个在线的分析软件，类似于galaxy;
安装过程如下，参考官网给的指导手册
http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
1）首先下载安装包：
wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run
2） 创建一个用户，用于smrt 分析
useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis
3) 切换到新建的用户，进行安装
su smrtanalysis
4) 设置环境变量
在系统的配置文件中添加下面几个环境变量， 编辑 /etc/bashrc 文件
SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/ SMRT_USER=smrtanalysis SMRT_GROUP=smrtanalysis
修改完之后，记得 source /etc/bashrc
5） 安装
bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run --rootdir $SMRT_ROOT
在安装过程中，会提示一系列需要修改的信息，比如IP地址， 端口号等，对应的选择就好
6） 启动服务
$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start $SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start
在浏览器中输入对应的网址，记得加端口号， 比如我的网址是http://192.168.0.6:8080/ ， 如果看到下边这个界面，就证明安装成功了；
pacbio 官方的文档还是特别的详细的，按照官网的来基本不会有什么问题
需要注意的是，很多smrt analysis 中集成的软件是不提供独立安装的，只能通过安装smrt analysis 软件来获取对应的软件，比如HGAP
当我们想要通过命令行访问对应的程序时，可以通过下面的方式
su smrtanalysis source /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh
source 完之后，一些smrt analysis 集成的软件就可以通过命令行访问了，比如 h5dump 查看h5 文件的内容