Evoview：进化树的装饰与美化

在之前的Evolview系列文章已为大家介绍过进化树与条形图、点图、热图以及蛋白结构域组合绘制，今天重点介绍进化树的装饰以及按簇进行分组美化。比如，学习绘制Evolview最美的一个展示案例（showcase 04），如下图：

下面开始为大家介绍如何装饰美化圣诞树...呸，进化树！

数据准备

为了与上图不一样，这里使用Evolview 的showcase02的原始进化树， 将案例2的进化树导出为Newick格式，方法如下，你可以另存为拓展名为”nwk”的文本文件或者直接将进化树描述数据复制到剪贴板。

接下来，在Basic选项卡下，点第一个按钮上传进化树，工程名称这里为lianxi5，进化树名称为circle，你可以选择打开刚才保存的”.nwk”（如下图）或这把刚才复制的数据粘贴到Data出，点Submit按钮即可完成上传。

导入后的进化树（共100条序列）是这样子的：

进化树的美化

首先，在Annotation upload选项下，单击第4个按钮（如下图）为序列标签（树叶）添加背景色。

颜色注释数据很简单：“序列标签+制表符分隔+颜色“，用Excel准备最简单，如下图，选择两列数据部分，粘贴到Date区然后点Submit按钮即可。文字颜色的修改也可用类似的方法，这里不做展开。

接下来单击添加形状按钮，如下图，在标签后添加各种形状，用于强调或装饰。

同样，也用Excel准备数据。这里添加3列“小图形“，type分别是circle、star和strip（条状），对应颜色用英文逗号分隔，如果想添加图形的轮廓颜色，在冒号“:”后添加即可，如下图，PlotWidth用于设置添加图形的（宽度）大小。

接着，将数据粘贴到Data区，然后点Submit按钮即可完成添加。

由于有100条序列，整个进化树非常长，这里在Basic选项下转成环形的进化树，方法如下图。

最后通过Export菜单（如下图）导出所需格式的图片。

最终的效果如下图：

进化树的分组

常见的进化树按簇分组的方法是给分支着色，注释文件分为3列，格式为“分支或分支范围+颜色+ad”，“ad”表示当前范围所以有子分支，如下：

NC_013790 red ad

NZ_GG774892,NZ_ABZV01000054 blue ad

GQ354955,FJ470435red ad

着色的效果是这样的：

当然，Evolview提供专门的分组注释功能，比这个要好看的多。如下图所示，和预览图一样，可同时实现多种分组样式（共有5种style）共存的分组效果。单击该按钮，我们添加分组注释。

注释数据如下：

第一行为整体的格式设置（默认设置），包括着色样式（style），默认着色颜色(color)，着色区域间隙(marginPCT),字体的大小，颜色，方向（textorientation=horizontal或vertical）等，下面的数据为每个簇的自定义设置，前部分为“序列分组范围”，bkcolor为背景颜色，text为分组标签内容。注释效果（Style=2）的如下：

同样的方法，我这里再添加2组分组样式，如下图。其中，”style=4”未显示分组标签是因为在注释中删掉了，”style=1”文字方向设为垂直（textorientation= vertical）。

如果不喜欢这个配色，自己可以到千图网 （http://www.58pic.com/peise/）

找一个喜欢的配色，比如下图的这个配色比较符合这个季节：

由于颜色较深，我们可以把文字的颜色改为白色，也可以添加个点状图（方法见上篇文章）作点缀，如下图。点蓝色的“↑”“↓”箭头和选择是否显示，可改变“层”的位置，实现不同的组合效果。

最终的效果如下图：