如何绘制“松针”状的进化树

在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。

(Naturecommunications, 2018)

FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件，可生成发表级质量的图片。

首先，打开用MEGA构建的进化树，通过File/ExportCurrent Tree(Newick) ，如下图，在弹出的文本编辑格式转化窗口点保存按钮，将MEGA构建的进化树（mts格式）转为Newick格式。

关于Newick格式（Newick tree format），在1984年出现在首个进化树构建软件（PHYLIP）上。它是一种主要用圆括号和逗号表示分支关系，数字表示分支长度的进化树表示方法。

这里简单的举个例子，希望大家对进化树的表示方法有更进一步的理解。例如，下图的进化树用Newick格式可表示为：

(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F

（Wikipedia）

Newick格式适用于多种进化树美化工具，比如高大上的在线工具ITOL，它可以作为一种兼容性很强的“桥梁”格式。

首先，点FigTree v1.4.3.exe打开软件，通过File/Open打开进化树，方法如下图，关于示例数据，软件包里自带两个拓展名为”.tree”的两个文件可供大家练习，MEGA导出的Newick格式为“.nwk”。

接下来改变树的形状，将进化树由Rectangular tree 转换为Radial tree，如下图。

接下来，取消掉序列标签和标尺的显示，为了美观，可以对“树枝形状”进行进一步的标准化处理，点开trees选项卡，勾选Transform branches，这里的变换方法选cladogram，如下图。

接下来，将鼠标的选择模式由Node改为Clade，然后选择不同的“簇”进行着色，方法如下图。

当然，你也可以“分支“的粗细进行调整，如下图。

调整好了之后，可通过File/Save进行下保存，重新打开之后你可以接着上次继续调整。当然，你也可以导出为其他格式的“树“，如下图。

得到想要的效果之后，你就可以导出图片，FigTree支持PDF和SVG两种矢量图格式。保存成这两种格式之后，可在Illustrator（Ai）中做更多个性化的调整。

最终，导出的效果如下图：

Williams G D,Townsend D, Wylie K M, et al. Nucleotide resolution mapping of influenza Avirus nucleoprotein-RNA interactions reveals RNA features required forreplication[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 465.

https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format

http://www.evolgenius.info/evolview/#mytrees/SHOWCASES/showcase%2002

http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/