概述
染色质免疫共沉淀技术（ Chromatin Immunoprecipitation ， ChIP ）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将 ChIP 与第二代测序技术相结合的 ChIP-Seq 技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段。
ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ ChIP ）特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的 DNA 片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息。
技术路线
1 ．实验流程（ Solexa ）
2. 生物信息分析流程示意图
研究内容
1 ．测序
对客户提供的 ChIP 样品（如果有阴阳参启动子区域或 DNA 序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、 DNA 成簇（ Cluster generation ）扩增、高通量测序。
2 ．基本数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别（ Base calling ），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（ Reads ）长度、 Reads 数量、数据产量。
3. 高级数据分析
标准高级数据分析内容包括：
（ 1 ） ChIP-Seq 序列与参考序列比对；
（ 2 ） Peak calling ：统计样品 Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；
（ 3 ）统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；
（ 4 ）给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释；
（ 5 ）在多个样品间，对与 Peak 关联基因做差异分析。
技术特点
应用领域
由于 ChIP-Seq 的数据是 DNA 测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：
（1）判断 DNA 链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
（2）检测 RNA polymerase II 及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；
（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；
（4） CTCF 转录因子研究。