利用新一代测序技术进行SNP分析，一般包括如下几步：
（1） 测序结果的预处理，去除低质量的数据；
（2） 利用短序列比对软件进行全基因组比对，找出多态性位点；
（3） 根据一定规则来筛选可靠的SNP位点，这些规则会因为不同需求有所不同，如MAQ中规定：①SNP位点附近3bp内没有另外的SNP；②SNPs的覆盖度要大于3；③SNP必须有质量分数>60的序列覆盖；④在任意连续的10bp中不超过3个SNP；⑤如果SNP的一致分数低于10，就认为该多态位点不是一个SNP。
（ 4） 为了更直观地查看SNP位点信息，可以使用一些可视化的软件进行画图。
可视化SNP软件示意图