BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) 。
BLAST+的一般用法如下：
格式化数据库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
参数说明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-out：数据库名
蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
参数说明:
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数
-num_threads：线程数
核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）
与上面的blastp用法类似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
以上的参数说明只是一些常用的参数，完整的参数说明可以用-help查询。
转载自：有个博客 [ http://www.yelinsky.com/blog/ ]
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谢谢博主！
2009年7月，NCBI发布了BLAST升级版——BLAST+，BLAST+使用了BLAST的核心算法，延 续了BLAST的优势功能，发展并增强了如BLAST的fastacmd程序，新增了如update_blastdb.pl等 程序。下面简单列举此次修改的主要内容：
高度模块化是本次修改的主要目标，不仅从理论上，更是从代码上明 确模块化了BLAST的三个过程：setup, scanning, trace-back。
选择的ISO C99标准，使得源代码可以同时被c以及c++使用，不需要做任何修改。
Database mask：之前的版本 需要第三方软件如RepeatMasker来mask数据库，c现在内置了WindowMasker和DUST来进行重复序列过滤。
使 用Query split, Partial subject sequence retrieval以及Retrieving subject sequences from an arbitrary source等策略来提高长序列（如染色体序列）的比对效率，有效的降低了CPU时 间，充分使用了一、二级缓存。
全新的命令行参数使用方式，添加了长字符串作为参数的支持，如-out，而不是以前的-o，关 于每一个程序其具体的命令行参数，可以通过添加-help参数来查阅。
分离blastn, blastp, blastx等作为独立的程序以替代之前的blastall -p blastn模式。
makeblastdb, blastdb_aliastool, blastdbcmd三个程序都和数据库有关，增强了数据库方面的处理。
添加 Best-Hit算法，只报告最优的Hit。比较有意思的是，最新的FASTA (version 36) 程序学习BLAST添加了multi-HSP 的功能，而BLAST+却学习FASTA添加了Best-Hit的功能。互相学习，互相提高。其实，在BLAST是学习并消化吸收了 一大批文章中的先进成果而发展起来的，例如MPBLAST, BLAST++, miBLAST, BLAT等。
添加了保存search strategy的功能，所谓search strategy也就是程序运行时的参数等信息