GC rich的区域不易测序的原因，主要发生于以下两个阶段:
1. PCR 阶段
由于GC rich的区域，其氢键数较多，稳定性较强，因此在PCR时，GC rich的区域较不易分开，因此不容易被扩增。
此外，即便GC rich的区域在PCR时被分开了，单股的GC rich区域亦容易因为氢键，而自行黏合形成二级结构，亦不易被扩增。
若采用PCR free的样本备制方式，则可能改善此PCR所造成的问题。
2. Fragmentation 阶段
在测序前需将DNA 打断成适当大小的片段才能上机测序，由于GC rich的区域不易被打断，使得存在GC rich区域的片段过大，不适合上机测序，而在长度筛选(size selection)时被舍弃。
目前，若要解决此问题，透过增加测序量，才能提高获取这些序列的机会。