SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具。最新的版本是SignalP 4.1，预测方法基于多种人工神经网络算法，可预测细菌和真核生物氨基酸序列中的信号肽切割位点。
SignalP 4.1网址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/。
下面就以EGFR_HUMAN 基因为例，预测其是否具有信号肽剪切位点。
首先是序列的上传，主要有两种方式（见下图），一种是点击 选择文件 直接上传FASTA文件；另一种是将氨基酸序列复制粘贴到“文本框”中。注意，每次最多可提交2,000个序列和200,000个氨基酸，每个序列不超过6000个氨基酸。
接下来是，进行简单的设置，由于是人的基因，物种这里选真核生物，D-cutoffvalues 保持默认，结果图片选包含EPS（一种常见矢量图格式）的选项。
由于仅对一个基因进行预测，结果的输出格式可选Standard和Long。在明确知道无跨膜区域后，方法选不包括跨膜区域（TM regions）预测会更精确；分析区域可自定义设置，这里保持默认的前70 个氨基酸。
点击Submit 按钮，就会得到下面的结果。下图给出了不同位点的3个分值的变化情况：
C-score (raw cleavage site score)：用来区分是否为剪切位点，最高峰值为剪切位点后的第一个氨基酸(即成熟蛋白的第一个氨基酸残基)；
S-score (signal peptide score)：用来区分相应位置是否为信号肽区域；
Y-score (combined cleavage site score)：C-score和S-score的几何平均数，用于避免多个高分C-score值对结果的影响。
此外，还有mean S和D-score(discrimination score)值（如下图）：前者是从氨基酸N端到剪切位点处各氨基酸的S-score平均值，D-score值是meanS和Y-max的加权平均值。
从最终的结果可以看出，该基因具有有信号肽，且信号肽的剪切位点位于第24和25号氨基酸之间。