有时候会遇到使用者询问，为什么做不同长度的mate-pair呢? 这是因为contig间的距离不同，为了将这些不同距离的contig 组装起来，得到更完整的组装信息，所以才需要使用不同长度的mate-pair。
以下就用一个简化的例子来说明不同 mate-pair 在组装效果上的差异:
假设我们有三个contig，这三个contig在genome上的距离如下:
假如我们使用的是距离1k的mate-pair，那么我们可以得到contig 1 和contig 2之间的关系。
但是contig 2 和 contig 3 呢? 无论是从contig 2 向右连
或是从 contig 3向左连
我们都无法得到 contig 2 和 contig 3 相对位置的信息。
倘若我们所使用的是距离 4K 的mate-paired 呢?
那我们只能得到 contig 1 与 contig 3相对位置的信息
却缺少了 contig 1 与 contig 2 的信息。
因此，搭配不同长度的 mate-pair，我们才比较容易得到 contig 间较完整的信息，而得到较好的组装效果。