最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了,有点生疏,于是重新尝试看pdb文件的软件,以前用的protein explorer和yasara感觉不太好用了…于是又发现了一个很不错的开源分子可视软件–PyMOL (下载).
比起yasara, PyMOL运行更迅速,跨平台(mac, win和linux都能用), 虽然yasara的渲染很不错,不过PyMOL也能导出为povray格式进行渲染.Protein explorer太老了,只能运行于firefox2.0以下和IE6, 我的电脑上都没有.
PyMOL打开界面分3块,viewer,console和GUI(如图), 一般来说大部分简单的观察通过viewer就行了, 操作不是很复杂. 举个列子,如果要用cartoon形式观察蛋白分子,打开pdb文件,比较乱,可以先hide everything, 然后选择show cartonn(其他依次类推,show surface,show ribbon等等), 然后进行上色, 即color, 比如 by ss -> helix sheet loop 就将分子按照螺旋, 折叠和loop进行染色, 方便观察比较.
其他有些更高级的应用我自己暂时还没用上…以后继续研究…比如动画, 特定分子观察等等. 导出可以用save image as 存为png或是pov文件进行渲染. 当然PyMOL自己也提供了一些渲染,不过由于还是测试版, 图面上会有水印, 还是先存为povray进行更好的渲染比较合适(需要的话), 一般使用PNG效果也很不错了.
From: http://www.molezz.net