Fst，用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两个种群间是随机交配的，基因型完全相似；为1则表示是完全隔离的，完全不相似。它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种，长度小于等于10bp)。
下面从一个例子来看如何计算Fst：
表格表示为三个种群中一个等位基因的存在情况。
第一步，计算种群大小：N=n(AA)+n(Aa)+n(aa)
种群1: 500
种群2: 100
种群3: 1000
第二步，计算等位基因的频率：p=[2*n(AA)+n(Aa)]/2*N
p1=(125*2+250)/1000=0.5
q1=1-p1=0.5
p2=(50*2+30)/200=0.65
q2=1-p2=0.35
p3=(100*2+500)/2000=0.35
q3=1-p3=0.65
第三步，计算哈温平衡下预期基因型：N*pp，N*2pq，N*qq
种群1: E(AA)=500*0.5*0.5=125 (与实际相等)
E(Aa)=500*0.5*0.5*2=250 (与实际相等)
E(aa)=500*0.5*0.5=125 (与实际相等)
种群2：E(AA)=100*0.65*0.65=42.25 (实际比预期多7.75)
E(Aa)=100*0.65*0.35*2=45.5 (实际比预期少15.5)
E(aa)=100*0.35*0.35=12.25 (实际比预期多7.75)
种群3: E(AA)=1000*0.35*0.35=122.5 (实际比预期少22.5)
E(Aa)=1000*0.35*0.65*2=455 (实际比预期多45个)
E(aa)=1000*0.65*0.65=422.5 (实际比预期少22.5)
种群1的 预期=实际，完美适合；
种群2的 实际比预期少15.5个杂合子，可能是近交导致；
种群3的 实际预期比多45个杂合子，可能是远交或Wahlund效应导致。
第四步，计算每个亚群实际观察到的杂合度：Hobs=n(Aa)/N
种群1: 250/500=0.5
种群2: 30/100=0.3
种群3: 500/1000=0.5
第五步，计算每个亚群预期的杂合度：
第六步，计算每个亚群的近交系数：F=(Hexp-Hobs)/Hexp
F1=(0.5-0.5)/0.5=0 不近交，不远交
F2=(0.455-0.3)/0.455=0.341 存在近交情况，实际杂合子比预期的少
F3=(0.455-0.5)/0.455=-0.099 存在远交情况，实际杂合子比预期的多
第七步，计算在整个种群中等位基因A的频率：
第八步，计算在整个种群中等位基因a的频率：
第九步，计算三种杂合性指数：
HI(实际杂合度)
HS(亚群预计杂合度--通过每个亚群预计杂合度(亚群等位基因频率)来计算)
HT(种群预计杂合度--通过种群中预计等位基因频率来计算)
第十步，计算：
