CHROM(chromosome):染色体
POS - position:参考基因组variant碱基位置，如果是INDEL（插入缺失），位置是INDEL的第一个碱基位置
ID - identifier: variant的ID。比如在dbSNP中有该SNP的id，则会在此行给出；若没有，则用’.'表示其为一个novel variant。
REF - reference base(s):参考碱基，染色体上面的碱基，必须是ATCGN中的一个，N表示不确定碱基
ALT - alternate base(s):与参考序列比较发生突变的碱基
QUAL - quality: Phred格式(Phred_scaled)的质量值，表 示在该位点存在variant的可能性；该值越高，则variant的可能性越大；计算方法：Phred值 = -10 * log (1-p) p为variant存在的概率; 通过计算公式可以看出值为10的表示错误概率为0.1，该位点为variant的概率为90%。
FILTER - _filter status: 使用上一个QUAL值来进行过滤的话，是不够的。GATK能使用其它的方法来进行过滤，过滤结果中通过则该值为”PASS”;若variant不可靠，则该项不为”PASS”或”.”。
INFO - additional information: 这一行是variant的详细信息，具体如下：
DP-read depth：样本在这个位置的reads覆盖度。是一些reads被过滤掉后的覆盖度。 DP4:高质量测序碱基，位于REF或者ALT前后
MQ：表示覆盖序列质量的均方值RMS Mapping Quality
FQ：phred值关于所有样本相似的可能性
AF1： AF(Allele Frequency) 表示Allele的频率，AF1为第一个ALT allele 发生频率的可能性评估
AC1：AC表示Allele（等位基因）的数目,AC1为对第一个ALT allele count的最大可能性评估
AN：AN(Allele Number) 表示Allele的总数目
IS：插入缺失或部分插入缺失的reads允许的最大数量
AC：AC(Allele Count) 表示该Allele的数目
G3：ML 评估基因型出现的频率
HWE：chi^2基于HWE的测试p值和G3
CLR：在受到或者不受限制的情况下基因型出现可能性log值
UGT：最可能不受限制的三种基因型结构
CGT：最可能受限制三种基因型的结构
PV4：四种P值得误差，分别是（strand、baseQ、mapQ、tail distance bias）
INDEL：表示该位置的变异是插入缺失
PC2：非参考等位基因的phred（变异的可能性）值在两个分组中大小不同
PCHI2：后加权chi^2，根据p值来测试两组样本之间的联系
QCHI2：Phred scaled PCHI2.
PR：置换产生的一个较小的PCHI2
QBD：Quality by Depth，测序深度对质量的影响
RPB：序列的误差位置（Read Position Bias）
MDV：样本中高质量非参考序列的最大数目
VDB：Variant Distance Bias，RNA序列中过滤人工拼接序列的变异误差范围
GT：样品的基因型（genotype）。两个数字中间用’/'分 开，这两个数字表示双倍体的sample的基因型。0 表示样品中有ref的allele； 1 表示样品中variant的allele； 2表示有第二个variant的allele。因此： 0/0 表示sample中该位点为纯合的，和ref一致； 0/1 表示sample中该位点为杂合的，有ref和variant两个基因型； 1/1 表示sample中该位点为纯合的，和variant一致。
GQ：基因型的质量值(Genotype Quality)。Phred格式(Phred_scaled)的质量值，表示在该位点该基因型存在的可能性；该值越高，则Genotype的可能性越 大；计算方法：Phred值 = -10 * log (1-p) p为基因型存在的概率。
GL：三种基因型（RR RA AA）出现的可能性，R表示参考碱基，A表示变异碱基
DV：高质量的非参考碱基
SP：phred的p值误差线
PL：指定的三种基因型的质量值(provieds the likelihoods of the given genotypes)。这三种指定的基因型为(0/0,0/1,1/1)，这三种基因型的概率总和为1。和之前不一致，该值越大，表明为该种基因型的可能 性越小。 Phred值 = -10 * log (p) p为基因型存在的概率。
FORMAT 和 BC1-1-base.sorted.bam：这两行合起来提供了’ BC1-1-base′这个sample的基因型的信息。’ BC1-1-base′代表这该名称的样品，是由BAM文件中的@RG下的 SM 标签决定的。