Phd2Fasta

简介

Phd2fasta 是 phred\phrap 软件包的一部分，phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技 术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发，主要用于学术科研活动。Phd2fasta 将 phred 产生 的 phd 文件转换为 fasta 格式的核酸和质量文件，便于 crossmatch 和 phrap 程序应用。

下载

该软件包 可以从 phrap 的的网站申请，申请通过后邮件发送，申请链接 ：

http://www.phrap.org/consed/consed.html#howToGet

安装

1、上传 phd2fasta 的压缩包到本地 linux/unix 运算服务器；

2、解压缩：

gzip –d phd2fasta-acd-dist.tar.gz tar –xvf phd2fasta-acd-dist.tar

3、编译源程序：

在命令行键入 make，编译完成后，可将执行文件 phd2fasta 拷到统一的可执行程序目录， 如：/usr/local/genome/bin 下面，源文件包可删除。

编译成功无提示信息。

使用

程序运行命令行：

phd2fasta –id phd_dir –os out.fas –oq

直接键入 phd2fasta 的屏幕提示：

no input files specified no output file specified

使用帮助可通过命令 phd2fasta -h 获取：

输入

此程序的输入文件为 Phred 产生的 phd 文件：

输出

此程序运行无屏幕输出，结果为 fasta 格式的序列和质量文件。

序列文件：

质量文件：

参数

详细的参数说明可以通过键入phd2fasta –doc查看：