GO分析代码库

2015/05/16来源：傻狗的BLOG！评论1,535

这一篇文章中主要是使用David进行GO分析的数据处理流程和简单的代码，具体GO分析的原理就不再涉及。

导出基因列表

#基因列表的导出
gene_cluster <- rownames(as.matrix(temp_gene[temp_gene[,"Cluster"] == '1',]))
GO <- file('GO.txt','w')
for (i in 1:length(gene_cluster)){
  writeLines(as.character(gene_cluster[i]),GO)
}
close(GO)

得到下面的一个txt文件，包含了我们感兴趣的基因。

GO分析代码库-图片1

David进行GO分析

进入David首页，选择functional annotation，提交基因list。

GO分析代码库-图片2

David会返回一个gene list的读取报告，比如gene symbol在各个物种中的map情况等，注意current background选择对应的物种。

GO分析代码库-图片3

进入functional annotation chart，对基因的功能在各种通路中进行富集，如GO的三大块（BP，CC，MF）以及KEGG等。

GO分析代码库-图片4

可以看到返回了各种富集的Term，以及显著性水平等信息，我一般会在option里把fold enrichment和FDR也选上，作为对显著性的评估。点击download file，复制转跳出来的全部网页内容，黏贴到GO.txt中。

GO分析代码库-图片5

download file转跳出来大概就长这样，复制后黏贴到txt文本里，可以使用之前的GO.txt，把原来的gene list覆盖就行。新建一个excel，数据自文本导入GO.txt。

GO分析代码库-图片6

导出cvs格式即可，其实就是为了将字符转换为UTF-8，防止R读取后出现乱码而已。

R筛选相关的Term

R读取csv表格后，对数据框进行简单的筛选和排序。

#简单的函数来执行
GO_filter <- function(file,term = 'GOTERM_BP'){
  gene_cluster <- read.csv(file = file,header = T)
  gene_cluster <- gene_cluster[grep(pattern = term,gene_cluster$Category),]
  if(grepl(pattern = 'GO',term)){
    gene_cluster$Term <- sub(pattern = '^GO.*~','',gene_cluster$Term)
  }
  if(grepl(pattern = 'KEGG',term)){
    gene_cluster$Term <- sub(pattern = '^hsa.*:','',gene_cluster$Term)
  }
  gene_cluster <- gene_cluster[order(gene_cluster$FDR,decreasing = F),]
  return(gene_cluster)
}
#调用函数即可
gene_cluster1 <- GO_filter(file = 'GO.csv')

后面只需要根据上面的操作，类似地构建gene_cluster2, gene_cluster3……即可。

ggplot2可视化

最后再使用ggplot2进行可视化即可，这里先提供两组代码，一组是多个cluster的分页柱状图显示，另一组是GO气泡图。后面会继续更新代码，如果我画出了更好看的GO图的话。

分页柱状图

分页柱状图，就是以分页的方式，把多组GO分析的统计图画在一起。

#分页柱状图
#先合并GO分析的表格，并在group列注释清楚
gene_cluster <- rbind(gene_cluster1[1:5,],gene_cluster2[1:5,],gene_cluster3[1:5,])
rownames(gene_cluster) <- 1:15
gene_cluster <- cbind(gene_cluster,group = rep(c('gene_cluster1','gene_cluster2','gene_cluster3'),c(5,5,5)))
#p_value取-log10
gene_cluster[,"PValue"] <- -log10(gene_cluster[,'PValue'])
#facet_wrap实现分页
ggplot(data = gene_cluster,aes(x=Term,y=PValue)) 
  geom_bar(stat = 'identity',width = 0.8,fill = '#00b2ee') 
  facet_wrap(~group,nrow = 3,scales = 'free_y') 
  xlab('') 
  ylab('-log10(pvalue)') 
  coord_flip()

GO分析代码库-图片7

GO气泡图

#GO气泡图
#注意，这里gene_cluster1的PValue还未取-log10
ggplot(gene_cluster1,aes(x=Fold.Enrichment,y=Term))   
  geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(PValue))) 
  scale_colour_gradient(low="blue",high="red") 
  labs(
    color=expression(-log[10](P.value)),
    size="Gene number",
    x="Fold enrichment",
    y="Pathway name") 
  theme_bw() 
  theme(
    axis.text.y = element_text(size = rel(1.3)),
    axis.title.x = element_text(size=rel(1.3)),
    axis.title.y = element_blank()
  )

GO分析代码库-图片8