一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。
当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这种图。接下来我将会写一些列教程（可能有视频），通过教别人学Circos的方式来自学Circos。
环境配置
建议在Linux环境下配置Circos，之后只要用conda就能配置好分析环境
- # 安装
- ## circos
- conda create -c bioconda -n circos circos
测试软件安装结果
- # 测试circos
- conda activate circos
- # 确认安装
- circos -V
- # 显示如下
- # circos | v 0.69-8 | 15 Jun 2019 | Perl 5.026002
可以从http://circos.ca/software/download/下载官方的教程文件，分别是
处理过程
Circos依赖于一些列的配置文件，用来定义复杂图形的各个部分，最终加工成图形。
因此，用Circos画图是一个不断增添内容的过程，你要不断根据输出结果来调整输入参数。
并且整个分析中，你还要拥有过关的数据预处理的能力，这是因为Circos不是数据处理工具，它只是展示你已有的数据。
快速开始
不管怎么样，先快速绘制出一个Circos图再说。
果子老师说过，我们不是先成为了老司机才开车，而是开车多了才成为了老司机。
第一步，先新建一个文件夹，用于存放本次分析的所有数据和配置文件
- mkdir -p my_first_circos && cd my_first_circos
然后用vim karyotype.tair10.txt编辑文本，新增如下内容
- chr - chr1 chr1 0 30427617 black
- chr - chr2 chr2 0 19698289 black
- chr - chr3 chr3 0 23459830 black
- chr - chr4 chr4 0 18585056 black
- chr - chr5 chr5 0 26975502 black
之后创建一个circos.conf文件，用于增加各类配置参数
- touch circos.conf
用vim circos.conf，增加我们的第一条记录，染色体信息
- karyotype = karyotype.tair10.txt
然而要想真正的出图，还需要增加至少以下配置语句才行
- <ideogram>
- <spacing>
- default = 0.005r
- </spacing>
- radius = 0.90r
- thickness = 20p
- fill = yes
- stroke_color = dgrey
- stroke_thickness = 2p
- </ideogram>
- <image>
- <<include etc/image.conf>>
- </image>
- <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
- <<include etc/housekeeping.conf>>
在当前路径下运行circos -conf circos.conf, 最终效果图如下
虽然图比较丑，但是至少我们成功运行了人生第一次的circos, 这就相当于买了一套毛坯房，后面要做的事情就是不断装修。
比如说，我们至少可以让不同染色体拥有不同的颜色，修改之前的karyotype.tair10.txt中的最后一列
- chr - chr1 chr1 0 30427617 chr1
- chr - chr2 chr2 0 19698289 chr2
- chr - chr3 chr3 0 23459830 chr3
- chr - chr4 chr4 0 18585056 chr4
- chr - chr5 chr5 0 26975502 chr5
在当前路径下运行circos -conf circos.conf, 最终效果图如下
这就引出了第一个知识点，配色。
为了实现配色，需要circos.conf文件了有一个和配色有关的语句
- <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
这里<<>>表示通过相对路径的方式加载另外一个配置文件，它的实际路径是和circos所在目录同级的etc,可用下面语句看到colors_fonts_patterns.conf的内容
- circos_path=$(dirname `which circos`)
- less ${circos_path%bin}/etc/colors_fonts_patterns.conf
你会发现，这个文件里还嵌套其他的配置文件。最终通过层层排查，你才知道etc/colors.ucsc.conf才是实际定义我们填写的颜色名的文件，而颜色的定义如下：
- chr1 = 153,102,0
- chr2 = 102,102,0
- chr3 = 153,153,30
- chr4 = 204,0,0
- chr5 = 255,0,0
还有一个问题，为什么这里用的是两个尖括号<<，而不是一个尖括号<呢？这是因为<已经被用于分隔不同的语句块，如下语句就表示etc/image.conf里的配置信息是用来调整和image有关的配置，而不是去调整ideogram的配置。
- <image>
- <<include etc/image.conf>>
- </image>
以上是快速开始部分，后续将会在此基础上，做出发表级别的图。